Durante el período faraónico Set fue el dios de la homosexualidad masculina como individualidad. Fue representado en diferentes formas - a veces como un personaje masculino y a veces como un hombre de piel blanca o roja con la cabeza de un perro, y una larga cola ahorquillada . Originalmente tenía, de acuerdo con la leyenda, asignado el Egipto Superior para gobernar mientras su hermano [ a veces se ha dicho su sobrino] Horus reinaba en el Bajo Egipto . Después de la reunificación los dos dioses fueron representados frecuentemente como una pareja con el símbolo de la unidad entre ellos. También hay una insinuación clara de una relación homosexual y en alguna leyenda Set da a luz un niño de Horus.De acuerdo con uno de los mitos Set intentó deshonrar a Horus siendo la parte activa en sus relaciones sexuales con él pero, siguiendo el consejo de su madre, Horus cogió el semen de Set en su mano y se lo llevó a la madre que lo pone sobre la comida favorita de Set: una lechuga que éste comió sin conocer su añadido seminal. Set, pensando que su semen está dentro de Horus llama a los jueces y les pregunta para determinar quién ha sido embarazado. Para su gran sorpresa cuando los jueces llaman al semen, este fluido les responde desde el interior de su propio estómago deshonrando a Set y exonerando de Horus.Otra leyenda cuenta que Set trató de violar a Horus, y que por varios días ambos estuvieron luchando, transformados en hipopótamos en el Nilo. En la lucha, Set arrancó un ojo a Horus mientras que Horus arrancó el pene de Set. Al final, sin embargo, después de la intervención de Thoth, el dios mono de la sabiduría, ambos dioses se reconciliaron. La legendaria lucha sexual y la posterior reconciliación eventual entre ambos dioses son vistas por los historiadores como alegorías de los enfrentamientos entre el Alto y el Bajo Egipto, que resultó en un país unificado alrededor del 3000 a. C.
